曹斌云教授主持完成了国家“984重大课题”——阿尔卑斯奶山羊胚胎移植项目,成功培育出全新品种“黑白花”奶山羊。近几年,主要从事草食动物繁育技术研究,主持国家和省部级多项科研课题,并和专家组教授们一道,创立了“宝鸡科技专家大院”等科教兴农新模式。2005年7月16日,温总理批转了《关于调整好粮型畜牧业结构,加强国家粮食安全的建议》,得到了农业部等部门的高度重视。先后受到了江泽民、温家宝、曾庆红、吴官正、李瑞环、李岚清等党和国家领导的亲切接见和鼓励。
在国内外发表科研论文96篇,发表了影响因子4.1的sci收录论文,出版专著8部,分别获得省部级特、一、二等科技成果奖9项,先后兼任省内外多家企事业单位及政府的技术顾问,被评为有突出贡献的中国博士学位获得者,全国科技兴农先进个人等。
主持编写了八部科技专著,其中主编《应用奶山羊学》、《奶畜高产技术及原理》、《牛羊肥育科学》、《奶牛高产新技术》、《奶山羊高产技术》、《波尔山羊高效繁育与饲养》,以及参编了《畜产品市场学》和《动物生殖调控》。